目前的包装设备和包装材料存在的问题在于材质落后，技术含量不高。对于包装材料而言，主要还是质量稳定性的问题，不同批次的包材差异大，从而对设备的运行产生影响。
总结来说，国产包装材料与包装设备主要存在以下几方面的问题： （1）国产包装设备联动性较差，如内包装和外包装联动，外包装中的防潮包装和封口、贴签、打印等;
（2）设备运行稳定性差，若某一小部件发生故障，则整个生产线都得停止运行;
（3）包装材料方面，包装材料的设计使用没有和药品质量相结合，主要考虑的还是外观设计，实际上包装对产品质量影响相当大;
（4）由于成本原因，部分包装材质达不到设备要求，如包装品的规格误差，纸质包装的材质硬度、脆度等达不到规定要求，塑料包装的成分影响等。
概括而言，国内规模较大的包装企业虽然在设备上与国外差距不大，但在软件环境上却不尽如人意。国内药厂的大部分包装工作，特别是较复杂一些的包装物品的排列、装配等工作基本上是人工操作，众多的操作人员无法保证包装的统一和稳定。有些企业即使使用某些包装机械，也只是应用在整个包装链的某个环节上。
